Проблема в том, что они не хранятся в виде отдельных слоев в PNG. Это просто растровое растровое изображение, где каждый пиксель имеет значение RGBA, не зная ни о каком контексте.
Хотя в вашем изображении может быть "истинная" прозрачность (в виде альфа-значений на пиксель), которую поддерживает PNG, похоже, это не то, что вы имеете в виду. Истинная альфа в PNG означает, что вы можете видеть то, что находится ниже любого заданного пикселя со значением альфа-канала <100% (например, для пикселей ниже в программе с поддержкой слоев, такой как Photoshop, или, например, фон веб-страницы под значками PNG с прозрачностью ).
Другими словами, "прозрачность" не имеет смысла в контексте того, что вы описываете, что изначально было, по крайней мере, двумя слоями. "Полупрозрачные" пиксели, которые вы описываете, совсем не прозрачны. У них очень специфические значения RGB. Просто при просмотре в целом, как и в любом файле изображения, расположение цветов создает визуальную иллюзию в мозгу, скажем, полупрозрачных букв.
Но не все может быть потеряно. Если это простое изображение, имеющее всего несколько уникальных цветов и не имеющих непрерывных тонов, и не очень большое - вы можете закрасить "прозрачные" пиксели, каким бы точным цветом были или не должны быть непрозрачные части.
Но если он очень сложный, много цветов и / или с непрерывными тонами - тогда вам лучше его воссоздать.
Я чувствую вашу боль, я делал подобные вещи много раз. Я научился всегда сохранять оригинальные PSD, какими бы банальными они ни казались :-).