Да, вполне возможно, что вредоносное ПО может повлиять на любое устройство хранения, которое вы подключаете к скомпрометированной системе. В этом случае вредоносная программа будет иметь возможность смонтировать образ установки, впрыснуть плохие вещи в него, и положил плохие модифицированную изображение обратно на флэш - диск. Например, он может изменить реестр, чтобы загружать плохой скрипт и запускать его при запуске. Не нужно будет изменять какие-либо компоненты установки Windows, только изображение, которое будет применено к новой системе.
По сути, вредоносное ПО, предназначенное для распространения через установочные носители (что маловероятно, но возможно), может привести к тому, что легальные компоненты установки будут скомпрометированы ОС
Если вы загрузите систему только с носителя, созданного на чистом компьютере, все будет в порядке. (Предполагая, что руткит более низкого уровня не был установлен.) Так как вредоносное ПО на жестком диске не будет работать, чистое изображение будет уничтожено.