Как запустить невидимую команду cmd.exe, пример:
Ниже приведен один пример, где вы можете найти работы по мере их описания
У вас будет пакетный файл с приведенной ниже логикой с именем tool.bat
@ECHO OFF
python "C:\Python27\tool.py"
EXIT /B
 
 
- У вас будет файл VBS с приведенной ниже логикой с именем 
tool.vbs 
Убедитесь, что указанный ниже путь в части C:\tool.bat указывает на правильный путь к пакетному файлу.
Set WinScriptHost = CreateObject("WScript.Shell")
WinScriptHost.Run Chr(34) & "C:\tool.bat" & Chr(34), 0
Set WinScriptHost = Nothing
 
- Затем вы запустите файл 
tool.vbs и ваш процесс должен работать скрытно. 
  сделать это видимым через некоторое время?
Чтобы запустить скрипт Python с cmd и показать вывод
CMD /K START "" "C:\Python27\tool.py"