Когда вы говорите один сервер, вы имеете в виду одну базу данных или один сервер базы данных.
Предполагая, что у вас есть один сервер, содержащий ваш сервер баз данных, вы можете иметь несколько баз данных на этом сервере баз данных. С этим не существует угрозы безопасности, каждый веб-сайт будет иметь свой собственный пароль к своей базе данных. Во многих случаях предпочтительно иметь сервер базы данных отдельно от веб-сервера из-за проблем с производительностью.
Если вы имеете в виду наличие одной базы данных и повторное подключение двух веб-сайтов к одной базе данных, это также выполнимо. То, что я видел, сделано в прошлом. Вы ставите перед таблицами префикс ws1_table one и ws2_table two. Я не очень знаком с MySql, но в некоторых системах баз данных вы можете создавать пользователей и предоставлять им доступ только к определенным таблицам. Вы можете создать пользователя, который имеет доступ только к таблицам ws1_, а другой - только к таблицам ws2_, это гарантирует, что он не сможет получить доступ к данным друг друга.