При создании загрузочного установочного носителя с использованием большинства инструментов все данные на перьевом диске обычно удаляются. Теоретически должно быть возможно просто добавить установочные файлы и сделать их загрузочными, не удаляя ничего, но это сложнее, чем использование любого из доступных готовых мастеров, таких как Windows Media Creation Tool. Если вы используете один из этих инструментов, содержимое диска будет удалено и обычно не может быть восстановлено позже.
Конечно, позже вы можете повторно использовать перьевой диск для того, что захотите позже, сделать его загрузочным - это просто вопрос изменения некоторой информации "заголовка" в MBR. Если вы переформатируете его, все так же, как если бы вы купили его новым.
Самое простое решение вашей проблемы - покупка дополнительного пера. Большой вам не нужен, 8 ГБ будет более чем достаточно.