Я хотел бы построить столбец данных, выводимых сценарием в Unix, в одну строку. Например, что-то вроде
script | cut -f2 -d ',' | gnuplot ....
 Вы должны дать gnuplot инструкцию построения в командной строке и использовать специальный файл передачи данных '-' . 
Например,
echo "1\n2\n4\n8\n16" | gnuplot -e "plot '-' u 0:1 w linespoints" -persist
Опция -persist позволяет держать окно открытым. Если вы хотите создать PDF-файл, вы можете использовать:
echo "1\n2\n4\n8\n16" | gnuplot -e "set term pdf; set output 'plot.pdf'; plot '-' u 0:1 w linespoints"