Используя pythonwin, вы можете вызвать отладчик с помощью pywin.debugger.brk()
Можете ли вы как-то сделать то же самое с pyscripter? Преимущество этого метода заключается в том, что ваш код работает с нормальной скоростью до тех пор, пока не будет вызван отладчик, а выполнение вычислительно-интенсивного кода в отладчике происходит довольно медленно.