Мне интересно, изменилась ли папка после Windows 10 Fall Update
  Начиная с версии Windows 10 Insider Preview 10565, избранное в Microsoft Edge теперь сохраняется в файле базы данных ESE, а не в предыдущей папке «Избранное».
  
  Из этого туториала Вы узнаете, как изменить избранное Microsoft Edge, чтобы оно сохранялось в новом файле базы данных ESE или в старой папке «Избранное» для вашей учетной записи в Windows 10.
  
  Предупреждение   
  
  Это сбросит и удалит все ваши любимые в Microsoft Edge.
  
  Это необходимо, чтобы избежать повреждения ваших избранных при смене места хранения.
  
  Заметка   
  
  Приведенные ниже файлы .bat удаляют две папки, указанные ниже, чтобы удалить все ваши избранные в Microsoft Edge, включая избранные из панели избранного, только для вашей учетной записи.
  
  (Местоположение базы данных ESE)
%LocalAppData%\Packages\Microsoft.MicrosoftEdge_8wekyb3d8bbwe\AC\MicrosoftEdge\User\Default\DataStore
  (Местоположение папки «Избранное»)
%LocalAppData%\Packages\Microsoft.MicrosoftEdge_8wekyb3d8bbwe\AC\MicrosoftEdge\User\Default\Favorites
  Файлы .bat ниже также изменят значение DWORD в разделе реестра ниже.
  
  HKEY_CURRENT_USER\ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ \ Классы \ Локальные настройки \ Программное обеспечение \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ AppContainer \ Storage \ microsoft.microsoftedge_8wekyb3d8bbwe \ MicrosoftEdge \ Main
  
  ИзбранноеESEEnabled DWORD
  
  0 = папка «Избранное» 1 = файл базы данных ESE
  
  Microsoft_Edge_save_favorites_in_Favorites_folder.bat:
@echo off
:: Created by: Shawn Brink
:: http://www.tenforums.com
:: Tutorial: http://www.tenforums.com/tutorials/30451-microsoft-edge-favorites-change-location-windows-10-a.html
RD /S /Q "%LocalAppData%\Packages\Microsoft.MicrosoftEdge_8wekyb3d8bbwe\AC\MicrosoftEdge\User\Default\DataStore"
RD /S /Q "%LocalAppData%\Packages\Microsoft.MicrosoftEdge_8wekyb3d8bbwe\AC\MicrosoftEdge\User\Default\Favorites"
REG ADD "HKCU\SOFTWARE\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\AppContainer\Storage\microsoft.microsoftedge_8wekyb3d8bbwe\MicrosoftEdge\Main" /V FavoritesESEEnabled /T REG_DWORD /D 0 /F
  Microsoft_Edge_save_favorites_in_ESE_database.bat:
@echo off
:: Created by: Shawn Brink
:: http://www.tenforums.com
:: Tutorial: http://www.tenforums.com/tutorials/30451-microsoft-edge-favorites-change-location-windows-10-a.html
RD /S /Q "%LocalAppData%\Packages\Microsoft.MicrosoftEdge_8wekyb3d8bbwe\AC\MicrosoftEdge\User\Default\DataStore"
RD /S /Q "%LocalAppData%\Packages\Microsoft.MicrosoftEdge_8wekyb3d8bbwe\AC\MicrosoftEdge\User\Default\Favorites"
REG ADD "HKCU\SOFTWARE\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\AppContainer\Storage\microsoft.microsoftedge_8wekyb3d8bbwe\MicrosoftEdge\Main" /V FavoritesESEEnabled /T REG_DWORD /D 1 /F
Как изменить расположение хранилища Microsoft Edge Favorites в Windows 10
Как вручную добавить закладки или папки закладок в избранное в Edge?
В соответствии с источником ниже, требуется дополнительный шаг (удаление значения FavOrder из реестра, см. Шаги 6 и 7).
Предположительно удаление FavOrder заставляет Edge повторно сканировать избранное.
Как получить избранное браузера в Microsoft Edge при сбое импорта в Windows 10
  Вы можете сделать избранное своего браузера доступным для Microsoft Edge вручную.
  
  
  - Закройте Microsoft Edge. 
- В строке поиска Windows 10 Cortana введите - %userprofile%\favoritesи нажмите Enter. Это открывает Windows Explorer к старому местоположению вашего избранного браузера.
 
- Выберите все файлы и папки и выберите «Копировать». 
- Теперь в строке поиска Cortana введите - %localappdata%\Packages\Microsoft.MicrosoftEdge_8wekyb3d8bbwe\AC\MicrosoftEdge\User\Default\Favoritesи нажмите Enter.
 - Это место, где Microsoft Edge хранит свои любимые закладки. 
- Вставьте файлы и папки, выбранные для копирования на предыдущем шаге. 
- Откройте редактор реестра Windows 10 (regedt32) и перейдите по адресу : - HKEY_CLASSES_ROOT\Local
  Settings\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\AppContainer\Storage\microsoft.microsoftedge_8wekyb3d8bbwe\MicrosoftEdge\
 
- Найдите - FavOrderи удалите его из реестра Windows.
 
- Откройте Microsoft Edge и просмотрите импортированные вручную избранное. 
Source Как: получить избранное браузера в Microsoft Edge при сбое импорта в Windows 10