На работающей 64-битной программе на 32-битной системе ответ есть этот скриншот:
Что делает установщик, если вы выбираете Both качестве архитектуры?
Я не думаю, что есть какой-либо способ иметь систему как x86, так и x64 - без самой системы x64. Альтернативой может быть установка двух ОС - но я не вижу, как один установщик может сделать обе и все еще иметь приличный UX.