Немного опоздал к этой теме, но я подумал, что стоит сделать следующие замечания:
Когда запускается Ubuntu Linux (у меня 16.04LTS), кажется, что он автоматически не монтирует некорневые разделы. Если я попытаюсь запустить Thunderbird, где мой профиль TB находится в разделе данных, я получу ошибку. Решение состоит в том, чтобы перейти на Nautilus или аналогичный и щелкнуть раздел данных, который будет смонтирован, при условии, что в нем нет ошибок, подобных описанным в этой теме.
Я тоже на двойной загрузке. Раньше он работал, отключая быстрый запуск Windows (то есть, чтобы убедиться, что Windows была правильно выключена перед загрузкой в Linux). Это перестало работать в последнее время, и я всегда получаю ошибку, как описано в оригинальном постере.
Использование Chkdsk /f в Windows не решает проблему. Ubuntu Linux по-прежнему выдает ту же ошибку.
Поэтому мне нужно запускать терминал и запускать sudo ntfsfix /dev /XY (где XY - это раздел, например sda2 или sdb1) каждый раз, когда я загружаюсь в Linux. Это исправляет раздел и обычно выдает ошибки, связанные с зеркалами MFT. Не знаю, почему, поскольку я запускаю каждую проверку диска, я могу на этом разделе, и все в порядке.
Поэтому я бы сказал, что NTFSFIX - это ответ, но я не могу понять, почему это может быть связано с тем, что эта проблема сохраняется на компьютерах с двойной загрузкой, даже если Windows закрыта должным образом. Опыт подсказывает мне, что причиной проблемы будет Windows, а не Linux, поэтому единственным вариантом, который мне останется, если я хочу избежать обходного пути NTFSFIX, будет переустановка Windows 10.