Вы делаете широкие предположения:
Каждый файл был написан ровно один раз
Это не правда.
ничего не было удалено или переписано
Тоже не правда.
только 1 процесс за один раз когда-либо создавал новые файлы
Определенно не правда.
Windows - это сложная ОС с несколькими одновременно запущенными процессами и потоками, многие из которых одновременно выполняют запись на жесткий диск, особенно во время установки ОС, установки обновлений и установки приложений.
Большая часть фрагментации происходит с файлами журналов, так как они естественным образом добавляются . Современная Windows ведет кучу журналирования, гораздо больше, чем вы думаете, так что это будет учитывать изрядное количество фрагментации, которую вы видите.
Также, когда дело доходит до обновлений, Microsoft использует сложную технологию дельта-обновления, которая исправляет части файлов, что может легко привести к фрагментации.
Тогда есть .NET Optimization Service, который предварительно компилирует сборки .NET в фоновом режиме (особенно во время установки / обновления .NET). Эта фоновая активность вызывает фрагментацию во время других действий.
Я мог бы продолжать и продолжать, но я уверен, что вы поняли идею.
Фрагментация, которую вы видите, является совершенно нормальной в современной Windows, поэтому рекомендуется выполнять дефрагментацию после установки ОС на жесткие диски без SSD.