Вы можете скопировать сами ключи любым способом, даже скопировав содержимое файла ключей и вставив его в файл «разрешенных ключей» на удаленном сервере.
Я бы не рекомендовал копировать ~/.ssh, лучше просто скопировать только то, что вам нужно.
Изменить ... чтобы уточнить ...
Копирование всей папки .ssh приведет к перемещению каталогов "известные хосты" и "authorized_keys" на удаленный сервер, а иногда ключи все равно хранятся где-то еще. Как правило, это не очень хорошая практика, поскольку усложняет отслеживание того, что имеет к чему доступ и т.д. Найдите ключ, который нужно скопировать, проверив строку IdentityFile в /etc /ssh /ssh_config, а затем просто вставьте содержимое в файл ~ /.ssh /authorized_keys на удаленном сервере.