Текущий графический интерфейс пользователя позволяет исключать только отдельные папки, а не все, называемые, например, .svn.
Но есть продвинутый способ добавления исключений - см.
https://help.backblaze.com/hc/en-us/articles/220973007-Advanced-Topic-Setting-Custom-Exclusions-via-XML
В качестве примера я добавил следующее правило, чтобы исключить скрытые папки .git, только если они были в моей папке ~/Sites (другое подобное можно применить к .svn, node_modules и т.д.):
<excludefname_rule plat="mac" osVers="*" ruleIsOptional="t" skipFirstCharThenStartsWith="users/" contains_1="/sites/" contains_2="/.git/" doesNotContain="*" endsWith="*" hasFileExtension="*" />