Я думаю, что эта тема нуждается в обновлении. На последнем ffmpeg (3.4.1) я получаю:
$ time ffmpeg -y -f lavfi -i nullsrc=s=hd720:d=600 -preset ultrafast out.mp4
real 0m26.578s
$ time ffmpeg -y -f lavfi -i nullsrc=s=hd720:d=600 -movflags +faststart -preset ultrafast out.mp4
real 0m26.849s
Те же результаты. Теперь попробуйте с реальным видео:
$ time ffmpeg -y -i Sintel.2010.1080p.mp4 -preset:v ultrafast out.mp4
real 3m38.829s
$ time ffmpeg -y -i Sintel.2010.1080p.mp4 -preset:v ultrafast -movflags +faststart out.mp4
real 3m43.674s
Разница около 2%, это может быть просто шум.
Также необходимо отметить, что фаза «Начало второго прохода: перемещение атома moov в начало файла» заняла не более пары секунд на выходном файле 600 МБ.