Википедия (https://en.wikipedia.org/wiki/MD5) объясняет это довольно хорошо:
Алгоритм дайджеста сообщений MD5 - это широко используемая криптографическая хеш-функция, производящая 128-битное (16-байтовое) хеш-значение, обычно выражаемое в текстовом формате в виде шестнадцатеричного числа из 32 цифр. MD5 используется в самых разных криптографических приложениях, а также обычно используется для проверки целостности данных.
Таким образом, MD5 может вычислить (несколько) уникальное число, чтобы проверить, в порядке ли целостность файла и не было ли какого-либо вмешательства и / или повреждения данных.