Ярлыки не создаются Windows, они создаются установщиком. Установщики - это просто программы, как и любая другая программа. В Windows доступно слишком много инсталляторов, что означает, что их установка не всегда тривиальна, и иногда люди, которые пишут инсталлятор для своего программного обеспечения, облажаются. В вашем случае кто-то позволил вам выбрать каталог установки и забыл, что, возможно, ярлык должен указывать на фактический каталог установки, а не по умолчанию.
Тестеры были либо неопытными, либо вообще отсутствовали, либо не имели достаточно времени для тестирования, выходящего далеко за пределы наиболее вероятных сценариев использования.
Я уверен, что большинство других программ будет работать хорошо.