Эти библиотеки должны быть расположены в /usr/share/java/ , чтобы вы могли использовать этот путь, чтобы добавить их в ваш путь к классам. Так, например, если вы установили libcommons-io-java в версии 2.4.5 с помощью apt-get, вы сможете использовать эту библиотеку, добавив /usr/share/java/commons-io.jar или /usr/share/java/commons-io-2.4.jar к вашему classpath (насколько я знаю, тот, у кого нет версии, всегда должен быть установлен самым новым, в то время как использование файла с включенной версией дает вам гарантию, что у вас всегда будет выбранная версия),
Если вы обычно хотите узнать, где находятся файлы из этих пакетов, вы можете перейти к обзору пакетов Debian, найти свою библиотеку и просмотреть список файлов.