У меня есть сырые последовательности, и я должен преобразовать его в формат Fast. так что читает так:
CTACGGTGTGCTCTTCCGATCTGACTATG
AGTTGGTGTGCTCTCCCGATCTCGCTCCCTC
GTGAGGTGTGCTCTTCCGATCTCCGGCAGTGTGCT
и я хочу добавить> и цифры над каждой строкой, так что, наконец, это должно выглядеть так:
>1
CTACGGTGTGCTCTTCCGATCTGACTATG
>2
AGTTGGTGTGCTCTCCCGATCTCGCTCCCTC
>3
GTGAGGTGTGCTCTTCCGATCTCCGGCAGTGTGCT
как я могу сделать в VIM? если не vim, то могу ли я использовать команду sed?
В vim я бы добавил первую строку (>1), затем создал простой макрос, который восстанавливает пронумерованную строку, спускается на одну строку, вставляет янки и увеличивает число. В командах нормального режима vim: y y j p Ctrl-a. Если вы сохранили макрос в регистре q , выполните его с помощью @ q.
Предполагая, что первая запись находится в первой строке, вы можете сделать это с помощью двух вызовов GNU sed, например:
sed '=' file | sed 's/^[0-9]/>&/'
Или с nl который только нумерует строки, содержащие данные:
nl file | sed 's/^ *\([0-9]\+\)\t*/>\1\n/'
Это можно сделать с помощью awk более интуитивно:
awk 'NF { print ">" ++i "\n" $0 }' file
Вывод во всех случаях:
>1
CTACGGTGTGCTCTTCCGATCTGACTATG
>2
AGTTGGTGTGCTCTCCCGATCTCGCTCCCTC
>3
GTGAGGTGTGCTCTTCCGATCTCCGGCAGTGTGCT
Чтобы вставить номер строки плюс маркер, который будет использоваться в следующей команде, вы можете использовать что-то вроде этого:
:%s/^/\=printf('>%-d ', line('.'))
Чтобы вставить новую строку, замените контрольную строку на "\r". Что-то очень простое, например, это должно сделать работу в этом случае
:'<,'>s/ /\r
На http://vim.wikia.com/wiki/Vim_Tips_Wiki есть много других советов по vim.