file_line - это нормально работающий ресурс для обеспечения появления строк в файле, но не очень хороший для гарантии того, что строк там нет - вот почему я полностью перестал его использовать.
Если вам действительно нужно управлять этим файлом по частям и вам нужно убедиться, что строка полностью удалена, ресурс augeas сделает это гораздо лучше.  Это довольно сложно, но делает работу действительно хорошо.  И уже должен быть объектив для файла sudoers.
Но Лорникс прав.  Вы не должны управлять этим файлом таким образом.  Он полон опасностей и здесь есть монстры.  
Предпочитаю шаблоны и включаемые файлы.
Чтобы ответить на ваш вопрос явно: вы не можете.  Один взгляд на исходный код file_line показывает, что он ищет только точное совпадение - пробел и все.
  def destroy
    local_lines = lines
    File.open(resource[:path],'w') do |fh|
      fh.write(local_lines.reject{|l| l.chomp == resource[:line] }.join(''))
    end
  end