Я полагаю, что вы хотите, чтобы скрипт выполнялся автоматически, так что вам нужно что-то, что проверяет, истекли ли шесть часов, и выполняет какой-то скрипт, если он есть.
Я предлагаю вам использовать команду watch, которая выполняет данную команду каждые несколько секунд:
watch -n 10 my_script &
поместит часы в фоновом режиме (значение &), откуда будет выполнять команду my_script каждые 10 секунд (значение -n 10). Файл my_script должен быть файлом сценария bash, который должен быть выполнен исполняемым с помощью chmod 755 my_script, который проверяет (согласно предложениям в других ответах), достигла ли ваша программа лимит в 6 часов, и действует соответствующим образом.
Если вас беспокоит потеря этой команды в фоновом режиме, если оболочка, из которой она запускается, будет уничтожена по какой-либо причине, просто измените команду следующим образом:
nohup 'watch -n 10 my_script'
он выживет во всем, кроме перезагрузки.