Проверьте синтаксис BSUB в скрипте bash

Question

Я пытаюсь отправить задание с помощью утилиты bsub linux, используя этот скрипт bash titple launchparse.sh:

#!/bin/bash

#BSUB -W 80:0
#BSUB -R rusage[mem=4000]
#BSUB -J "myarray[101-150]"
filenumber=$(($LSB_JOBINDEX*100000))
java -cp ./ejml-0.19-nogui.jar:./ejml-0.19-src.zip:./stanford-parser-3.2.0-javadoc.jar:./stanford-parser-3.2.0-models.jar:./stanford-parser-3.2.0-sources.jar:./stanford-parser.jar:. Pubmedparse $filenumber.txt done$filenumber

Однако всякий раз, когда я проверяю, были ли заданы задания с использованием bjobs -a , я получаю, что мои задания завершены. Может кто-нибудь увидеть, что не так с синтаксисом

Answer 1

Я думаю, что ваш сценарий в порядке. Если я заменю командную строку Java на

echo XXX > /tmp/done$filenumber

тогда это работает. Вероятно, это процесс Java, который завершается с ненулевым кодом выхода. Попробуйте перенаправить stdout/stderr и код выхода java-процесса в файл или используйте параметры bsub -o/-oo/-e/-eo .

Для заданий, которые вы уже отправили , bjobs -l <jobid> покажет вам точный код выхода. Например,

Mon Feb  3 15:00:02: Exited with exit code 1. The CPU time used is 0.0 seconds.