Сама Windows не будет переформатировать несколько разделов, если вы не попытаетесь сделать что-то настраиваемое до или во время установки. Он просто установится в раздел, который вы выбрали в качестве места назначения во время установки, не касаясь других разделов или дисков. Таким образом, ваш раздел D: безопасен для Windows (но, возможно, не вы :-))
Чтобы узнать конфигурацию диска / раздела, запустите диалоговое окно "Управление дисками" с панели управления. Или просто запустите "diskmgmt.msc". Это покажет, находятся ли C и D на одном диске или нет.
Конечно, всякий раз, когда у вас есть что-то ценное на диске, вы всегда делаете резервную копию и создаете резервную копию, прежде чем пытаться что-то вроде восстановления системы, которая может уничтожить эти файлы.