Групповая политика поддерживает перенаправление папок для каталогов, связанных с% UserProfile%. Варианты конфигурации здесь.
Попытка разбить структуру папок окон и программных файлов по разным системам не рекомендуется. Если вы попытаетесь загрузить какие-либо драйверы режима ядра, которые также существуют в папке с программными файлами, то это может навредить вам. (это включает в себя антивирус и драйверы с красивым графическим интерфейсом)
Если у вас есть много данных в папке пользователя, то это влияет на время входа (обычно 15 секунд на гигабайт). Если вы всегда остаетесь в системе, это не должно быть проблемой. То, что вы описываете в своем втором вопросе, называется "перемещаемые профили". (У меня есть оговорки, чтобы сказать вам это, потому что это излишне для одноразовой системы)