Я хочу скопировать мою текущую конфигурацию Xfce вместе со всеми настройками другой установки Debian.
Какие файлы мне нужно скопировать и отслеживать?
Ну а в соответствии с чем сохранить перед повторной установкой?, дублируя ваш
~/.config/xfce4
папка должна сделать свое дело.
В любом случае, все ваши пользовательские настройки находятся в вашей домашней папке.