Я могу только догадываться, что /MIR предполагает, что файлы уже есть, и не проверяет снова. Может быть, включить также переключатель /FFT, который использует временные метки для сравнения и посмотреть, если это имеет значение.
Как вариант, пусть robocopy записывает, что он делает. Файл журнала может показать, почему он в данный момент пропускает файлы или папки. Я бы использовал следующее для устранения неполадок:
Robocopy c:\source c:\backup /MIR /V /LOG:WhySkip.txt /XD .svn
Добавлено:
/V - подробный список, включая пропущенные файлы
/LOG: файл - записать вывод в файл
