Мне нужно удалить все файлы / директории с именем .svn, используя rm на cgywin
drwxr-xr-x    6      4096 Oct 26 15:33 .svn
$ rm -d .svn
rm: cannot unlink `.svn': Not owner
super-user (root) - единственная учетная запись, которая может использовать флаг rm -d
Со страницы man rm
-d, --directory
      unlink FILE, even if it is  a  non-empty  directory  (super-user
      only; this works only if your system supports ‘unlink’ for 
          nonempty directories)
Перед использованием su root вам потребуется rm -d или что-то подобное. 
Вы пробовали rm -rf /full/path/to/dir или (если пусто) rmdir /full/path/to/dir ?
Если вы являетесь администратором на своей машине, владение - это концепция, которая не должна вас сильно беспокоить.
Сделайте chmod u+w .svn , затем попробуйте удалить снова.