Это не очень понятно из вопроса, но я должен предположить, что какая-то другая программа использует порт. Что мешает вам открыть порт, необходимый для получения настроек. Последовательные порты не могут быть общими. Вы можете сделать это после того, как программа закроет порт, но есть ненулевые шансы, что она восстановит настройки.
Лучший способ - использовать бесплатную утилиту SysInternals ' Portmon. Он устанавливает драйвер фильтра, который отслеживает драйвер последовательного порта. Вы увидите все, что делает программа, включая инициализацию порта.