Я не специалист по веб-разработке, но насколько я понимаю, верно следующее:
Загрузка вашего index.php
в браузер выплевывает код страницы, который браузер получает и отображает. Итак, браузер запрашивает:
http://website.com/index.php
Код страницы, который он получает, включает в себя определенные файлы CSS и Javascript из ваших каталогов css/
и script/
. Итак, браузер запрашивает:
http://website.com/css/mystyle.css
http://website.com/script/myscript.js
Чтобы включить эти файлы, браузер должен запросить эти URL-адреса у вашего веб-сервера, а ваш веб-сервер должен обслуживать их с этих URL-адресов.
Если это так, то нет, вы не можете делать то, что просите, не изменив, как включены ваши CSS и файлы сценариев.
Вы можете изменить PHP, чтобы его вывод не включал ссылки на внешние файлы, а включал в себя содержимое этих файлов в виде встроенных разделов вывода PHP. Затем вы можете использовать стандартные средства управления доступом веб-сервера, чтобы запретить доступ к каталогам css/
и script/
.