Неважно, поддерживает ли операционная система NTFS как файловую систему, вам придется разделить внешний жесткий диск, чтобы установить в него любую операционную систему. ОС нужен свой собственный раздел.
Прежде всего, жесткий диск загрузочный? т.е. вы можете выбрать его в загрузочном меню BIOS? Если это так, вы можете просто вставить установочный компакт-диск любого дистрибутива GNU/Linux и выбрать его установку на этот диск. Сократите раздел NTFS от установщика установщика и используйте метод управляемого разбиения, чтобы установить дистрибутив на оставшееся свободное место. Вы можете найти учебники по разделению дисков.
После того, как вы разбили свой жесткий диск на разделы и установили в него дистрибутив по вашему выбору, вы можете легко получить доступ к файлам в разделе NTFS, смонтировав его из операционной системы, которую вы только что установили - вы можете использовать ext3 или любую другую стандартную файловую систему GNU/Linux , Затем вы можете переместить файлы в папку в вашей ОС и стереть старый раздел NTFS, чтобы ОС использовала весь внешний жесткий диск.
Если диск не загрузочный, вы можете сделать резервную копию ваших данных и отформатировать их, чтобы сделать их загрузочными. С другой стороны , есть несколько руководств по установке GNU/Linux на незагрузочных жестких дисков здесь.