Если диск не загружается, что-то не так с MBR или его нет, так что это ваша "проверка". Однако команда bootrec.exe /ScanOs
должна отображать список активных записей MBR. Если их нет, опять же, они либо отсутствуют, либо повреждены.
Комментарий Крууга верен в том, что если вы неправильно клонировали диск (например, только клонировали один раздел), то MBR, возможно, не скопировал. Чтобы успешно клонировать загрузочный диск, необходимо выполнить клонирование 1:1 или использовать инструмент, позволяющий клонировать MBR и выбранные разделы. Лично я использую Macrium Reflect.
Что касается восстановления, используя загрузочный диск Windows:
На экране установки Windows нажмите "Восстановить компьютер"

После короткого сканирования оборудования на "экране параметров восстановления системы" щелкните нижнюю опцию командной строки:

В командной строке введите следующие команды (каждая должна сопровождаться "Операция прошла успешно"):
bootrec.exe /FixMbr
bootrec.exe /FixBoot
Источник: Tom's Hardware