Поскольку вы настаиваете на том, чтобы сделать это с помощью пользовательского числового формата, вот изящный прием, который вы можете использовать:
Введите числа и используйте следующее в качестве пользовательского формата номера:
#,###,%%%
Вот что вы увидите:

Так близко, правда ?!
Это где обман. Нет простого способа скрыть символы процента, но вот что вы можете сделать. Снова откройте диалоговое окно « Формат ячеек » и поместите курсор между второй запятой (вставьте заново, если она исчезла) и первым символом процента, например:

Теперь нажмите Ctrl+J, и вы увидите это:

Как видите, три процента символов волшебным образом * исчезли! Тем не менее, когда вы выйдете, содержимое ячейки будет выглядеть точно так же, как и раньше, так чего же вы добились? Терпение, мой молодой падаван ... :)
Выберите столбец с числами, снова откройте диалоговое окно « Формат ячеек », на этот раз перейдите на вкладку « Выравнивание » и установите флажок « Обтекание текстом» в разделе « Управление текстом» :

Хорошо, выход и бум!

* Хорошо, ты меня понял, это не волшебство. Но как это работает? По-видимому, Ctrl+J вставляет возврат каретки в текстовое поле пользовательского формата чисел (насколько это неочевидно ?!). Вы можете подтвердить это, используя клавишу со стрелкой вниз после этой последовательности, и вы можете просто определить, что там есть еще одна строка текста с символами трех процентов.
Теперь вы можете догадаться об остальном. Включение переноса текста просто переносит текст в ячейки, поэтому символы процента переходят на следующую строку. Но если вы не измените размеры ячеек, чтобы они были больше по высоте, они все равно выглядят так, будто в них есть только одна строка текста. Подлый, нет? :) Вот как это выглядит, если вы увеличите высоту ячейки:

Обратите внимание, что фактические значения в ячейках по-прежнему равны 1, 12,3 и 123456,789 соответственно, только способ их отображения был затронут.