Вы не сказали, с какими специфическими симптомами поврежденных файловых систем вы столкнулись. Это предупреждение может быть ничем. Когда вы его получите, должен быть флажок, позволяющий сканировать без ремонта, затем вы сканируете свой pendrive и отвечаете на вопрос, если какие-либо файлы повреждены вообще. Вы всегда можете проигнорировать этот запросчик и запустить chkdsk вручную, отключив восстановление. (Пуск -> Выполнить -> CMD.EXE, затем введите chkdsk <drive> , и он будет работать без ремонта).
Однако, чтобы ответить на вопрос, если вы уменьшите свой шанс на выздоровление - никто не скажет вам наверняка. Если ячейка диска находится на своем пределе, вы получите ошибки чтения при копировании, но после запуска chkdsk вы сможете скопировать файл без проблем. Бьюсь об заклад, хотя это не будет полным. Другие недостатки, с которыми я сталкивался в своей жизни, включают в себя chkdsk, вносящий полный беспорядок в мой FAT, заставляющий мои имена файлов выглядеть бессмысленными. Также посмотрите, с чем я столкнулся на одном SSD-накопителе, и я до сих пор не уверен, что он отвечает за этот беспорядок.
Я всегда сначала запускаю chkdsk без /F потом в конце концов с ним. Не доверять этой вещи. Также у меня появилась привычка копировать вещи в pendrives с контрольными суммами (CRC32), созданными TotalCommander (shareware) или командным файлом, используя fsum.exe (бесплатно). Оценка целостности файла тогда тривиальна.
