Из Википедии
Чтобы быть более точным, rm удаляет ссылки на объекты из файловой системы, где эти объекты могли иметь несколько ссылок (например, файл с двумя разными именами), а сами объекты отбрасываются только тогда, когда все ссылки удалены и программы отсутствуют. все еще имеют открытые ручки для объектов.
Так что да, твоя несвязанная аналогия довольно хороша. Если у вас есть несколько жестких ссылок на файл, данные не будут помечены как не подлежащие удалению, пока не исчезнут все ссылки (символические ссылки не соответствуют требованиям, только жесткие ссылки).
Если у вас есть резервные копии, было бы неплохо сделать несколько хэшей md5 или sha1 для резервных копий и вашего домашнего каталога и отразить их, чтобы обнаружить любые изменения, но пока вы восстанавливаете отсутствующие файлы, файлы, которые застряли вокруг, не должны не страдает от коррупции.
Как всегда, YMMV.