К сожалению, это очень субъективно и зависит от размера данных, их важности и т.д. Возможно, вам даже потребуются разные режимы для разных фрагментов ваших данных: синхронизация еженедельной синхронизации вашей коллекции больших файлов фотографий с резервными копиями вне сайта (или по требованию, когда вы добавляете новый набор из похода), но синхронизация документов и финансовых операций ежедневно.
Что касается количества версий, вы должны помнить, что резервное копирование имеет дело с двумя очень разными наборами ошибок: аппаратная ошибка и человеческая ошибка. Для ситуации с аппаратным умиранием вам нужна только одна хорошая резервная копия, то есть как минимум две (в случае сбоя при обновлении текущей), предпочтительно традиционные три. Чтобы скрыть человеческие ошибки, дело не в том, сколько копий нужно хранить, а в том, как далеко должны зайти эти копии. Если бы вы случайно удалили файл, например, сколько времени прошло бы, прежде чем вы заметили? Вам нужна резервная копия, идущая так далеко назад, плюс немного. Весьма распространенный выбор - три ежедневных копии и три ежемесячных, но здесь нет жестких и быстрых правил (или даже хороших общих правил) - только вы знаете, насколько важны ваши данные и сколько усилий вам нужно предпринять, чтобы защити это.
Лично я использую snapshots-via-rsync, используя технику, аналогичную описанной в http://www.mikerubel.org/computers/rsync_snapshots/ (статья старая, но все еще актуальна) - есть другие способы добиться подобного эффекта тоже, что может быть проще, если вы новичок (http://rdiff-backup.nongnu.org/ кажется популярным, но я сам не использовал его, поэтому не могу комментировать более конкретно). У меня есть ежемесячные снимки, сделанные за год, и ежедневные снимки за месяц, и, поскольку большая их часть не сильно меняется, она не занимает столько места, сколько полная копия или две. При любом решении, подобном этому, важно учитывать, что повреждение в вашем наборе резервных копий может затронуть сразу все моментальные снимки, поэтому я рекомендую, по крайней мере, две отключенные копии данных, чтобы у вас было как минимум две физических копии каждого файла, что означает повреждение в одна из ваших коллекций снимков не влияет на все имеющиеся у вас "копии".