Это не должно быть решительным ответом, но другой перспективой, чтобы исследовать проблему.
Система синхронизации Chrome никоим образом не позволяет настраивать рейтинги на одной машине; И любое решение с дополнительными расширениями, которое работает с флагом disable/enable в вашем расширении, будет неудачным! 
Потому что другой компьютер, который одновременно использует ту же учетную запись пользователя, будет отражать изменения. 
Способ избежать такого обмена информацией заключается в том, насколько хорошо он предложил @avirk отключить синхронизацию по расширениям, но кажется, что это решение не подходит для вашей среды.
Затем я предложу еще две идеи, которые могут быть приняты для получения требуемого результата:
- Создание второй учетной записи позволит вам настроить собственную группу расширений (это решение, которое я лично использую, чтобы иметь разные профили ScriptSafe на разных компьютерах)
  Другое предложение немного менее условно и может считаться плохим взломом, но я опишу его во всех отношениях, чтобы у вас был более широкий выбор.
- Перейдите к папке соответствующего плагина: .config/google-chrome/Default/Extensions/jpkfjicglakibpenojifdiepckckakgk/versionfolderи очистите содержимое в файл "background_page.html".
 «Этот пример можно применить только к плагину: Gestures for Chrome (TM)»
Это создает исключение при загрузке страницы, которое не позволит правильно выполнить код события в вашем расширении.
Таким образом, у нас будет локальное отключение для этого расширения.
  Помните, что каждый раз, когда вы получаете новое обновление для вашего расширения, вы должны повторить эту операцию в папке новой версии.