Скорее всего, не. Каталог не является физическим местоположением на диске. Новое содержимое каталога размещается на диске в зависимости от его размера и наличия свободного места на диске. Фактический файл для каталога - это просто список этих мест.
Однако очень возможно иметь слишком много элементов в каталоге. Если количество элементов превышает несколько сотен или тысяч (в зависимости от операционной системы и типа доступа), доступ к каталогу может привести к значительному замедлению. Если в вашем каталоге более нескольких сотен элементов, рассмотрите возможность добавления подпапок, чтобы минимизировать количество в любой данной папке.
Еще одна мысль: ошибки чтения могут привести к значительному замедлению, если они не так плохи, как полный сбой. Если вы подозреваете это, запустите диагностику на диске и получите данные как можно скорее, если подтвердится.
[Edit] Вы упомянули выше, что это рентгенологические изображения. Я предполагаю, что в качестве имени файла указывается идентификатор пациента или серийный номер / дата. Предложите вам создать папки для первых 2-3 букв того, что обозначает идентификатор, и переместить элементы в них. Вы можете сделать это несколькими папками, и это сделает поиск элементов не сложнее, чем сейчас, и значительно ускорит индексацию каталога.
oldfolder
123456
123457
123558
...
55123
55124
...
99345
99346
newfolder
12
34
123456
123457
35
123558
...
55
12
55123
55124
...
99
34
99345
99346