Вы пытались установить Linux или 7 там и посмотреть, если поведение лучше, чтобы исключить какие-либо проблемы с оборудованием?
Я нашел эту ссылку в другом вопросе, в котором описаны некоторые рекомендуемые параметры контроллера домена для аппаратной или внешней синхронизации. Возможно, вы также можете попробовать это. Также я не был бы ужасно удивлен, если установка интервала синхронизации на очень низкий уровень (каждую секунду с коррекцией каждые 100 тиков, как в вашем примере) может испортить ситуацию, если это не было проверено на MS.
http://support.microsoft.com/kb/816042
Вот настройки Windows 7 по умолчанию из новой и обновленной установки.
C:\Windows\system32> w32tm.exe / запрос / конфигурация
[Configuration]
EventLogFlags: 2 (Local)
AnnounceFlags: 10 (Local)
TimeJumpAuditOffset: 28800 (Local)
MinPollInterval: 10 (Local)
MaxPollInterval: 15 (Local)
MaxNegPhaseCorrection: 54000 (Local)
MaxPosPhaseCorrection: 54000 (Local)
MaxAllowedPhaseOffset: 1 (Local)
FrequencyCorrectRate: 4 (Local)
PollAdjustFactor: 5 (Local)
LargePhaseOffset: 50000000 (Local)
SpikeWatchPeriod: 900 (Local)
LocalClockDispersion: 10 (Local)
HoldPeriod: 5 (Local)
PhaseCorrectRate: 1 (Local)
UpdateInterval: 360000 (Local)
[TimeProviders]
NtpClient (Local)
DllName: :\Windows\system32\w32time.dll (Local)
Enabled: 1 (Local)
InputProvider: 1 (Local)
AllowNonstandardModeCombinations: 1 (Local)
ResolvePeerBackoffMinutes: 15 (Local)
ResolvePeerBackoffMaxTimes: 7 (Local)
CompatibilityFlags: 2147483648 (Local)
EventLogFlags: 1 (Local)
LargeSampleSkew: 3 (Local)
SpecialPollInterval: 604800 (Local)
Type: NTP (Local)
NtpServer: time.windows.com,0x9 (Local)
VMICTimeProvider (Local)
DllName: C:\Windows\System32\vmictimeprovider.dll (Local)
Enabled: 1 (Local)
InputProvider: 1 (Local)
NtpServer (Local)
DllName: C:\Windows\system32\w32time.dll (Local)
Enabled: 0 (Local)
InputProvider: 0 (Local)