причина, по которой вы не можете перетаскивать окна с одной "головы" на другую "голову", заключается в том, что (как правильно прокомментировал CarlF) ваша установка находится в режиме "отдельного дисплея x", а не в "режиме xinerama" (он же "twinview" в nvidia- земля или "бигдесктоп").
такая настройка "отдельного дисплея x" означает, что каждая головка может иметь совершенно другую конфигурацию, касающуюся глубины визуального отображения, размера, частоты кадров и т. д., таким образом, окно, созданное на одной головке (термин на самом деле "экран"), не может быть сохранено перешел на другую голову, потому что "пиксели не совпадают".
Проверьте http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=221174 и настройте ваш xserver правильно, тогда ваши проблемы исчезнут.)