Посмотрите на Plink !
Он сделан людьми, которые сделали Putty, и его целью является именно то, для чего вы пытаетесь использовать putty в своем вопросе.
Plink (PuTTY Link) - это инструмент подключения к командной строке, похожий на UNIX ssh. В основном используется для автоматизированных операций.
Из руководства Plink:
7.3 Использование Plink в пакетных файлах и скриптах
После того, как вы настроили Plink для возможности входа на удаленный сервер без каких-либо интерактивных запросов (см. Раздел 7.2.2), вы можете использовать его для множества сценариев и пакетных целей. Например, чтобы запустить резервное копирование на удаленной машине, вы можете использовать команду, например:
plink root @ myserver /etc/backups/do-backup.sh
Или, может быть, вы хотите получить все строки системного журнала, относящиеся к определенной веб-области:
plink mysession grep / ~ fred / /var/log/httpd/access.log> fredlog
Любую неинтерактивную команду, которую вы могли бы с пользой запустить в командной строке сервера, вы можете запустить в пакетном файле, используя Plink таким образом.
Plink Ссылка для скачивания