Для начала никогда не используйте% username%, чтобы получить путь к профилю пользователя.
Вы должны использовать переменную среды USERPROFILE вместо имени пользователя, потому что иногда путь к профилю пользователя содержит больше, чем просто имя пользователя (например, .000, .windows)
Вернуться к вашей проблеме:
Вы не можете создать ярлык, просто скопировав исполняемый файл.
Вы можете использовать VBScript для создания ярлыка:
https://groups.google.com/forum/?hl=en&fromgroups=#!msg/microsoft.public.scripting.vbscript/-RgWWk62aAE/qQ_u5sg8zOgJ
В качестве альтернативы:
Некоторые бесплатные инструменты командной строки для создания ярлыков:
Ярлык Марти Листа http://optimumx.com/download/#Shortcut
MakeScut
http://www.scriptlogic.com/products/scriptingtoolkit/Default.asp