Проблема в том, что загрузчики Windows и Linux (маленькое меню, позволяющее выбрать ОС для загрузки) не очень хорошо работают вместе. Ну, в частности, загрузчик Windows не очень хорошо работает с Grub, Grub играет со всеми.
Итак, если вы загрузитесь обратно в сеанс live и переустановите загрузчик linux (grub2), вы сможете загрузить Windows. Оказавшись там, вы можете очистить MBR, и все будет в порядке.
Чтобы узнать, как переустановить grub2 с живого диска Ubuntu, смотрите пункт 13 на этой странице. На этом этапе у вас должна быть хотя бы работающая система. Для получения справки по переустановке загрузчика Windows, смотрите здесь.