Я бы попытался создать файл .desktop, чтобы запустить скрипт и перетащить его в Docky. Самый простой способ может быть:
(1) Перетащите один из пунктов вашего меню из главного меню на рабочий стол. Это создаст файл .desktop на рабочем столе.
(2) Щелкните правой кнопкой мыши значок и выберите «Свойства».
(3) Измените строку, начинающуюся с Command, на «bash /path /to /your /script».
(4) Выберите «Закрыть».
(5) Перетащите этот значок в Docky.
Если щелчок правой кнопкой мыши по значку не приводит к появлению редактора свойств, просто отредактируйте его в gEdit или Emacs или в вашем любимом текстовом редакторе.