В Википедии есть хорошее объяснение:
Файловая система FAT состоит из четырех различных разделов:
Зарезервированные сектора, расположенные в самом начале. Первый зарезервированный сектор (сектор 0) - это загрузочный сектор (также называемый Volume Boot Record (VBR)). Он включает в себя область, называемую блоком параметров BIOS (с некоторой базовой информацией о файловой системе, в частности ее типом и указателями на расположение других разделов), и обычно содержит код загрузчика операционной системы. Важная информация из загрузочного сектора доступна через структуру операционной системы, называемой блоком параметров привода (DPB) в DOS и OS/2. Общее количество зарезервированных секторов указывается полем внутри загрузочного сектора. Для файловых систем FAT32 зарезервированные сектора включают в себя сектор информации о файловой системе в секторе 1 и резервный загрузочный сектор в секторе 6.
FAT Регион.
Обычно он содержит две копии (могут отличаться) таблицы размещения файлов для проверки избыточности, хотя и используется редко, даже утилитами восстановления дисков. Это карты области данных, указывающие, какие кластеры используются файлами и каталогами. В FAT12 и FAT16 они сразу следуют за зарезервированными секторами. Обычно дополнительные копии хранятся в тесной синхронизации при записи, а при чтении они используются только при возникновении ошибок в первой FAT. В FAT32 можно переключиться с поведения по умолчанию и выбрать одну FAT из доступных для использования в целях диагностики.
Корневой каталог Регион.
Это таблица каталогов, в которой хранится информация о файлах и каталогах, расположенных в корневом каталоге. Он используется только с FAT12 и FAT16 и накладывает на корневой каталог фиксированный максимальный размер, который предварительно выделяется при создании этого тома. FAT32 хранит корневой каталог в области данных вместе с файлами и другими каталогами, что позволяет ему расти без таких ограничений. Таким образом, для FAT32 область данных начинается здесь.
Область данных.
Это где фактические данные файла и каталога хранятся и занимают большую часть раздела. Традиционно неиспользуемые части области данных инициализируются со значением заполнителя 0xF6 во время форматирования на IBM-совместимых машинах, но также используются в портфолио Atari. 8-дюймовые дискеты CP/M обычно поставляются предварительно отформатированными со значением 0xE5; [9] с помощью Digital Research это значение также использовалось на форматированных дискетах Atari ST. [Nb 3] Некоторые современные устройства форматирования стирают жесткие диски со значением 0x00, тогда как значение 0xFF используется на флэш-дисках для уменьшения износа.
Последнее значение обычно также используется на дисках ПЗУ. (Некоторые продвинутые инструменты форматирования позволяют настраивать формат заполнителя байта. [Nb 4])
Размер файлов и подкаталогов можно произвольно увеличить (при условии наличия свободных кластеров), просто добавив дополнительные ссылки на цепочку файлов в FAT. Однако обратите внимание, что файлы размещаются в единицах кластеров, поэтому, если файл размером 1 КБ находится в кластере размером 32 КБ, 31 КБ теряется.
FAT32 обычно начинает таблицу корневых каталогов в кластере № 2: первый кластер области данных.