Я бы рекомендовал оставить системный perl покое, поскольку, как вы выяснили, это часто важно для работы системы.  Затем вы можете скомпилировать и установить его из последнего источника (довольно просто!), Доступного по адресу http://www.perl.org/, просто убедившись, что он установлен для установки в каталог, отличный от системного perl .  Файлы справки, которые идут с загрузкой, довольно хорошо объясняют все, что нужно сделать.
В качестве альтернативы, если вам нужен только Perl, установленный для одного пользователя, вы можете использовать Perlbrew, который будет автоматически загружать и устанавливать различные версии Perl в домашнем каталоге пользователя, хотя это настраивается:
  По умолчанию корневым каталогом perlbrew является ~/perl5/perlbrew, который можно изменить, установив PERLBREW_ROOT
Вы можете использовать системный cpan для установки самого Perlbrew или использовать команды, приведенные на веб-сайте Perlbrew.
РЕДАКТИРОВАТЬ:
ActiveState также предлагает бинарные загрузки для Linux на этом сайте, если вы не хотите собирать из исходного кода.