Вот краткое описание местоположения (ключи реестра и файлы):
Уровень пользователя (реестр):
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\SystemCertificates
: содержит сертификаты настроек для текущего пользователя.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Policies\Microsoft\SystemCertificates
: Как и в предыдущем расположении, но это соответствует сертификатам пользователей, развернутым в объекте групповой политики.
HKEY_USERS\SID-User\Software\Microsoft\SystemCertificates
: соответствует конфигурации некоторых пользовательских сертификатов. У каждого пользователя есть своя ветка в реестре с SID (идентификатор безопасности).
Уровень компьютера (реестр):
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\SystemCertificates
: содержит сертификаты настроек для всех пользователей компьютера.
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Policies\Microsoft\SystemCertificates
: Как и в предыдущем расположении, но это соответствует сертификатам компьютера, на которых развернут объект групповой политики.
Уровень обслуживания (реестр):
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Cryptography\Services\ServiceName\SystemCertificates
: содержит сертификаты настроек для всех служб на компьютере.
Уровень Active Directory (реестр):
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\EnterpriseCertificates
: сертификаты, выпущенные на уровне Active Directory.
И есть несколько папок и файлов, соответствующих хранилищу сертификатов Windows.
Папки скрыты, а открытые и закрытые ключи расположены в разных папках.
Пользовательские сертификаты (файлы):
%APPDATA%\Microsoft\SystemCertificates\My\Certificates
%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Crypto\RSA\SID
%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Credentials
%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Protect\SID
Компьютерные сертификаты (файлы):
C:\ProgramData\Microsoft\Crypto\RSA\MachineKeys
Извлечено из: http://www.sysadmit.com/2017/10/windows-donde-se-guardan-certificados.html