Есть простой способ сделать это с помощью psexec. Вы можете получить psexec от Microsoft по адресу:
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897553
Теперь, после того как вы установите его куда-нибудь в вашей переменной PATH (например, c:\windows\system32), вам понадобится текстовый файл со всеми именами хостов, для которых вы хотите, чтобы команда выполнялась. Тогда вы можете просто запустить:
psexec @linktoTEXTfilehere -u username -p password commandtorunhere.exe
Просто помните, что если в именах файлов есть пробелы, заключите их в кавычки. Кроме того, если вы используете учетную запись домена, используйте формат domain\username при указании пользователя для запуска от имени.