Бит выполнения несколько путается между разрешением и идентификатором типа объекта.
И нет, вы не можете "всегда копировать" файл в свой домашний каталог: только если он доступен для чтения.
Файлы могут быть исполняемыми для вас, но не читаемыми.
Вы правы в том, что если файл доступен для чтения, но не является исполняемым для вас, вы можете скопировать его, перевернуть бит выполнения и использовать его. Может быть. Но это может не сработать. Исполняемый файл может быть чувствительным к тому, где он установлен. Или файл может зависеть от его корневого бита setuid.
Я бы не стал разрабатывать систему разрешений таким образом, начиная с чистого листа; это не совсем имеет смысл. Разрешение на выполнение будет отделено от атрибута исполняемого типа, и разрешение на выполнение не будет перегружено разрешением поиска (даже если оно было сохранено таким образом; API не будет раскрывать его на уровне битовой маски).