KeePass - отличный инструмент для этой цели. Тем не менее, он не интегрируется в ваш браузер. Я использовал его в течение многих лет на рабочих станциях и даже на телефонах Android. Очевидно, что это не зашифровывает всю вашу папку «Документы и настройки», но будет соответствовать вашему желанию защищенных паролей.
Для хранения файлов я бы посоветовал взглянуть на TrueCrypt. Вы можете создать однофайловый "диск" (очень похожий на образ диска, используемый виртуальными машинами) и хранить на нем все, что вам нужно. TrueCrypt будет монтировать его как обычный диск на вашей рабочей станции.
Оба продукта выше с открытым исходным кодом.