Я использую следующую команду для синхронизации файлов из одной папки в другую в моей локальной системе OSX:
rsync -avC ./src ~/Sites
Внутри ./src есть несколько подпапок :
- ./src/assets
- ./src/core
- ./src/css
- ./src/js
Все папки и содержимое копируются, как и ожидалось, за исключением ./src/core .  Переименование папки решает проблему, но не вариант.  Например, названный как ./src/core2 и это работает.
