В Windows большинство приложений устанавливаются с помощью приложения / файла, совместимого с MSI (Microsoft Installer).
MSI содержит множество часто сложной логики установки, настроек, механизмов конфигурации и т.д. Хотя вы можете отсоединить MSI, изменить его и упаковать по своему вкусу, это может привести к сильно испорченным конфигурациям приложения.
Различные приложения настраивают себя по-разному - некоторые используют реестр, некоторые используют файлы конфигурации XML, другие используют файлы конфигурации в своем собственном формате. Некоторые используют несколько точек конфигурации - реестр, файлы и т.д.
Если вы действительно хотите настроить это приложение, я рекомендую попробовать разобраться, где оно хранит все свои данные конфигурации. Затем вы можете написать необходимый скрипт, который позволит вам изменять реестр и / или изменять конфигурационные файлы приложения с нужными вам настройками.
Однако следует понимать, что, если вы не будете осторожны, есть большая вероятность, что вы можете запутать приложение - часто тонкими, сложными для отслеживания способами, и вы можете повредить данные (особенно если приложение хранит данные в файлах и / или базы данных)!
Действуй осторожно!